El costo de estos conflictos ha sido de al menos 25 millones de pesos en pagos de salarios caídos, sin contar los costos de los procesos.
Las diferencias comenzaron cuando en 1997, siendo gobernador el panista Alberto Cárdenas Jiménez, se modificó la Constitución local, que establecía que los magistrados duraban cuatro años en el cargo y, en caso de ser ratificados, adquirían inamovilidad. Los cambios que se hicieron fue para señalar que serían nombrados por un periodo de siete años y luego tendrían la posibilidad de una ratificación por diez años más.
Cuando eso sucedió, catorce magistrados tenían la condición de inamovibles: Ramón Soltero Guzmán, Gilberto Ernesto Garabito García, Guillermo Valdez Angulo, Salvador Cantero Aguilar, José María Magallanes Valenzuela, Gregorio Rodríguez Gutiérrez, Raúl Acosta Cordero, Ernesto Chavoya Cervantes, Alfredo González Becerra, Jaime Cedeño Coral, Manuel Higinio Ramiro Ramos, Esteban de la Asunción Robles Chávez, Joaquín Moreno Contreras y Miguel Ángel Estrada Nava.
Trece de estos magistrados siguen en el cargo, debido a que su condición de inamovibles fue ratificada. Sólo Gregorio Rodríguez se mantuvo por un tiempo, para después aceptar el retiro luego de cumplir 70 años de edad.
En 1998 se rechazó la ratificación en el cargo del magistrado Javier Orendáin Camacho, quien decidió promover un amparo. Tras distintos recursos y seis juicios de garantías, desahogados durante seis años, el funcionario judicial ganó la sentencia definitiva y se ordenó su reinstalación, además de que se condenó a que se le pagaran 4.2 millones de pesos de salarios caídos.
En 2007, se venció el nombramiento de seis magistrados: Luis Arturo Díaz Cedeño, Gustavo Flores, Arcelia García Cásares, Rogelio Assad Guerra, Tomás Aguilar Robles y Luis Ernesto Camacho Hernández. El Congreso del Estado decidió no ratificarlos y nombró en su lugar al ahora presidente del STJE, Luis Carlos Vega Pámanes, Espartaco Cedeño Muñoz, Hugo Olveda Colunga, Jaime Gómez, José de Jesús Ángulo Aguirre y Austreberto Andrade Mariscal.
Los magistrados que no fueron ratificados presentaron demandas de amparo. Mientras se desarrollaba el juicio, murió Díaz Cedeño, mientras que Gustavo Flores perdió el amparo, por lo que quienes fueron nombrados en su lugar, Luis Carlos Vega y Espartaco Cedeño, respectivamente, pudieron quedarse como magistrados.
En cuanto al resto de los magistrados, a finales de 2009 el Juzgado Segundo de Distrito en materia administrativa ordenó la reinstalación, por lo que los cuatro nombramientos que había hecho el Congreso quedaron sin ejecutarse. Además, el pago a los funcionarios judiciales que volvieron a sus cargos significó una erogación de más de 20 millones de pesos.
En 2008 se vencieron otros seis nombramientos: Marcelo Romero García de Quevedo, José Carlos Herrera Palacios, Héctor Delfino León Garibaldi, Bonifacio Padilla González, Francisco Ramírez Estrada y José Félix Padilla Lozano.
Los diputados decidieron no ratificar en el cargo a cinco de ellos, mientras que no pudieron decidir en el caso de León Garibaldi, porque ya había conseguido una suspensión en un amparo.
El Congreso del Estado presentó una controversia constitucional, la número 49/2008, porque el Supremo Tribunal de Justicia del Estado incumplió con el envío de las evaluaciones del desempeño de los magistrados, para que comenzara el proceso para su ratificación o salida. Mientras esta se desahogaba, otros magistrados que no fueron ratificados consiguieron suspensiones para que no los removieran.
En lugar de Padilla Núñez y Ramírez Estrada, el Congreso designó a Aurelio Núñez López y a Jorge Leonel Sandoval Figueroa, respectivamente. Sin embargo, un juez que participó en la elección promovió un amparo y logró que un juez federal ordenara la reposición del procedimiento. Los diputados lo hicieron, pero sólo para ratificar a los mismos magistrados.
En julio de 2010, la Suprema Corte de Justicia de la Nación determinó la improcedencia de la controversia interpuesta por el Congreso y determinó la invalidez de los acuerdos legislativos para no ratificar a Bonifacio Padilla y José Félix Padilla Lozano. Esta misma resolución permitió que los magistrados Marcelo Romero y José Carlos Herrera se mantuvieran en el cargo.
Bonifacio Padilla regresó a su cargo, quedando fuera Aurelio Núñez.
En cuanto a Félix Padilla, en 2010 el Congreso volvió a negarle la ratificación, por lo que otra vez acudió al amparo, el cual ganó, por lo que en mayo de 2013 la actual Legislatura decidió que debía continuar como magistrado.
La decisión más reciente que tomó el Congreso del Estado para no ratificar a un magistrado, fue en el caso de Antonio Fierros Ramírez, quien también se amparó y obtuvo una suspensión para efecto de que no se nombre a su sustituto. Además, el presidente del STJE, Luis Carlos Vega Pámanes, promovió una controversia constitucional, en la que también obtuvo la suspensión, pero para detener todo el procedimiento.
Sonia Serrano Iñiguez, Milenio