El 9 de marzo de 2013, el funcionario sostuvo una reunión en Casa Jalisco y cuando se dirigía hacia su casa, acompañado por su escolta, fue interceptado en el cruce de Acueducto y Paseos del Parque, en Colinas de San Javier, en donde una célula del Cártel Jalisco Nueva Generación lo asesinó.

Para perpetrar el crimen se utilizaron dos armas, una glock y una Pietro Beretta, ambas calibre 9  milímetros y fueron los casquillos percutidos de estas pistolas lo que permitió a las autoridades iniciar la investigación que derivó en las primeras capturas.

Un problema vial en las inmediaciones del Congreso del Estado, el 14 de marzo, fue el motivo por el cual Juan Manuel González Martínez, de 29 años, alias El Piojo, y Julio Andrés Vázquez Estrada, de 36, El Padrino o El Nino, fueron detenidos. A estos hombres se les decomisó un arma que al ser sometida a los exámenes periciales se comprobó que había sido la misma que se utilizó en el asesinato de la modelo venezolana Daysi Yeniree Ferrer Arenas.

Al ampliar la investigación, los dos hombres confesaron su participación en el crimen de Gallegos, incluso, señalaron a Jonathan García García o Roberto García Quintero, alias El John Perro, y a Carlos Ernesto Muñoz Morales, de 25, apodado El Tilico o El Tiliche como sus cómplices, por lo que también fueron capturados.

En la declaración ministerial de El John Perro consta que durante tres días, él observó los movimientos de Gallegos para poder establecer un patrón y también fue él quien condujo el vehículo en el que escaparon el día del atentado.

En tanto, El Tilico fue uno de los sujetos que accionó el arma contra el secretario de Turismo, pero en la agresión resultó herido por uno de sus cómplices, por lo que fue llevado a un hospital particular en Tlaquepaque.

La participación de El Piojo y El Padrino fue la de informar a sus cómplices el momento en que Gallegos abandonó Casa Jalisco para que éste fuera asesinado por El Tilico.

El 20 de julio de 2013, Miguel Salazar de Niz, alias El Satán, otro de los sujetos que participó en el crimen del secretario, asesinó a un elemento de la Fiscalía identificado como Sergio Enrique Escobedo López y del policía de Puerto Vallarta, Juan Carlos Loyola Juárez, en la colonia El Retiro, zona en la que operaba esta célula criminal.

Mientras las investigaciones del homicidio de Gallegos estaban en curso, el 2 de agosto, Roberto Samuel Pérez Gutiérrez, jefe de grupo del área de Homicidios Dolosos de la Fiscalía, y su escolta, el policía investigador Jaime Alberto Morales Bueno, fueron asesinados cuando se dirigían a las oficinas de la corporación.

En este doble crimen también participó El Satán –detenido el 23 de enero de este año–, y aseguró que el móvil fue porque los agentes les seguían de cerca la pista y las investigaciones estaban afectando los intereses de la célula delincuencial a la que pertenencia.

El móvil del homicidio de Gallegos, según las declaraciones de los autores materiales, fue porque siendo empresario brindaba apoyo económico a un grupo criminal contrario.