En un comunicado, utilizando el nombre original del buque, el ministerio dice que las fuerzas “impidieron que el buque Navarn entrara ilegalmente en la zona marítima de la costa de Gaza”.
El barco se dirige sin contratiempos a las costas de Israel. Todos los pasajeros se encuentran a salvo, añade.
Las Fuerzas de Defensa de Israel (FDI) aún no se han pronunciado al respecto.
Imágenes en directo del buque mostraron previamente a tropas de la Armada llegando al Handala y abordándolo.
Handala es operada por la Coalición de la Flotilla de la Libertad, que también envió un barco anterior que fue detenido, el Madleen, en una misión para llegar a Gaza.
Según el sitio web de la Coalición de la Flotilla de la Libertad, el Handala transporta a 19 activistas y dos periodistas de Al Jazeera.
El barco será remolcado al puerto de Ashdod por la Armada y luego los activistas serán deportados del país.